En virtud de que dentro de las estructuras normativas, técnicas y presupuestarias de los diferentes subsistemas públicos de educación media superior y superior difícilmente podía desarrollarse un modelo educativo con el nivel de innovación requerido para atender el problema de la educación para los pueblos indígenas, problema cuya solución que tiene que partir de aceptar y respetar las diferencias culturales y de contexto de las comunidades indígenas, asesores de la SEP y el IEEPO apoyados por la Dirección General de Asuntos Jurídicos de SEP, diseñaron el instrumento a partir del cual se estructuraría el Colegio Superior para la Educación Integral Intercultural de Oaxaca (CSEIIO).
En este instrumento, denominado Convenio de Coordinación para la creación, operación y apoyo financiero del Colegio Superior para la Educación Integral Intercultural de Oaxaca, se estableció el compromiso de la SEP, el Ejecutivo del estado de Oaxaca y el IEEPO de crear este Colegio como un Organismo Descentralizado de carácter estatal, con personalidad jurídica y patrimonio propios. El documento fue suscrito el 21 de octubre de 2002.
Derivado de este compromiso, el 1º de febrero de 2003, se publicó en el Periódico Oficial de Oaxaca el Decreto por el cual se crea el CSEIIO, cuyos fines principales son establecer y Coordinar en el Estado los Planteles de Educación Integral Comunitaria, realizar investigación educativa para el Desarrollo Comunitario e impulsar el desarrollo integral de las comunidades indígenas de Oaxaca.
La creación de este organismo tiene una relevancia histórica sin precedente en la atención de las necesidades y demandas de las comunidades indígenas de Oaxaca, sus características lo hacen un instrumento único en el país.
El 11 de agosto de 2011, en la comunidad de Santa María Yaviche, Municipio de San Juan Tanetze de Zaragoza, empieza a brindar servicios educativos la extensión 01 del Bachillerato Integral Comunitario de Santiago Lalopa y en el 11 de agosto de 2014 se le otorga la clave del centro de trabajo 20EBD0044A para consolidarse como BACHILLERATO INTEGRAL COMUNITARIO DE SANTA MARIA YAVICHE.